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Sin embargo, a las causas más o menos exóticas señaladas anteriormente, se contraponía la realidad de una situación propicia para el desarrollo de ratas, pulgas y bacterias que, en su conjunto, determinaban el progreso de la Peste.
En los siglos anteriores a la aparición de la Peste había habido una situación climática favorable en Europa que junto con una mejora de las comunicaciones y, por tanto, del comercio supusieron una mejora en el nivel de vida de la población. Esta bonanza se dejó sentir sobre todo en las zonas ribereñas del Mediterráneo cuyos estados se enriquecieron, aumentaron sus tasas de natalidad y atrajeron a mucha población vecina hasta alcanzar una densidad de población muy alta para la época. Esta sobrepoblación afectó principalmente a las ciudades, en donde la gente vivía amontonada en espacios muy reducidos, lo que favorece la rapidez de cualquier contagio.
Sin embargo, las condiciones de bonanza climática parecen haber cambiado tras el primer tercio de siglo con la aparición de una pequeña “edad de hielo” (en palabras de Paul Bugl, de la Universidad de Hartford) con un ambiente más frío y húmedo de lo normal. Esto supuso un empeoramiento de las cosechas y, por tanto, un empeoramiento alimenticio que se dejó notar en la salud general de la población. El conjunto de sobrepoblación, mala alimentación, humedad ambiente y bajas defensas personales consecuencia de la mala salud forman un combinado extraordinariamente rico en el que desarrollarse la Peste. Pero hay otro factor no menos importante que es el aumento alarmante de roedores como consecuencia de las condiciones antedichas. Estaba pues bastante claro que esas primeras bacterias llegadas de Oriente como habían llegado otras muchas veces antes, ahora iban a desarrollarse de forma mucho más virulenta y con resultados catastróficos.
Por otra parte, la sobrepoblación tiene unos efectos decisivos en la velocidad de propagación del contagio, e incluso, en su mantenimiento; y si las ciudades no alcanzan una cierta población umbral (que algunos han cifrado en unas 250.000 personas), el desarrollo del contagio parece ser demasiado lento para dar lugar a una epidemia, llegándose a una situación de equilibrio entre anfitrión y huésped que coevolucionan de forma conjunta. Este equilibrio es el que suele aparecer en las zonas endémicas de cada enfermedad y que, periódicamente, bien por mutación del patógeno bien por cambio de las condiciones ambientales, se rompe dando lugar a un nuevo brote epidémico.
Pero la propagación de la Peste depende también de su tasa de mortalidad. Normalmente una tasa de mortalidad muy alta tiende, como ocurre con la variante pulmonar, a provocar una muerte tan rápida (en horas) que muchas veces el contagiado muere antes de haber tenido ocasión de contagiar a otra persona. Es decir, cabe la posibilidad de que, si la Peste se presentara sólo en su variante más letal, no pudiera progresar adecuadamente y se auto extinguiera, provocando curiosamente menos muertos que la variedad bubónica que tiene una letalidad inferior.
De lo anterior se deduce que la sobrepoblación europea a principios del siglo XIV influyó decisivamente en la propagación de la epidemia tanto por empeoramiento de las condiciones sanitarias como por su influencia sobre la velocidad de transmisión y la tasa de mortalidad.
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