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Parece indudable que la Peste llegó a Europa Occidental por vía marítima traída por los comerciantes genoveses. Los barcos fueron siempre un vehículo muy adecuado para la propagación de las epidemias dada las condiciones de habitabilidad de los mismos y su falta de higiene: nadie se bañaba, cada pasajero iba provisto de su propia comida, se convivía con animales y mercancías en un espacio muy reducido, estaban llenos de roedores y parásitos, etc. Esto explica la difusión inicial de la epidemia alrededor de los puertos más importantes: Mesina, Genova, Marsella, Barcelona, etc. Pero la difusión hacia el interior hay que buscarla en los movimientos poblacionales de la época que muchas veces tenían que ver con caravanas comerciales y movimientos militares de tropa.
Finalmente, dentro de las poblaciones, los distintos actos religiosos con sus concentraciones y procesiones colaboraban también con esa difusión interior del contagio. Y razones religiosa eran asimismo las que impulsaban a los movimientos penitenciales que iban de una ciudad a otra entonando salmos e invitando a la gente a la conversión mientras martirizaban con látigos sus cuerpos desnudos.
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En conlusión: Al comienzo de la Peste, había una cierta unanimidad en considerar que la causa de la Peste no podía ser otra sino la manifestación de la cólera divina por los pecados de los humanos. No obstante, la observación de las muertes indiscriminadas, sin ninguna diferenciación entre piadosos y pícaros, pronto hizo surgir una cierta incredulidad sobre la implicación directa de Dios en asuntos de contagio, así que, sin bajar todavía la mirada del cielo, se pensó en fenómenos astrales tales como la aparición de cometas, las conjunciones de planetas y las constelaciones celestes.
A pesar de que las causas primeras nunca se abandonaron del todo, poco a poco iban surgiendo unas prácticas de aislamiento e higiene que parecían dar ciertos resultados positivos. En las áreas urbanas, se ordenó el aislamiento de los infectados en casas de apestados (normalmente fuera de la propia ciudad), enterramientos de los cadáveres en cementerios extramuros con quema de las ropas de los difuntos y, en general, una cierta restricción a los movimientos de la gente y de las mercancías.
Aunque nadie en aquel tiempo llegara a elaborar una teoría válida del contagio (habría que esperar casi 200 años para que Girolamo Fracastoro anticipara una primera aproximación), la existencia de tales prácticas parece indicar la creencia en una causa próxima, difícil de explicar, pero vinculada con la suciedad y la miseria, normalmente relacionaba con el medioambiente (aires nocivos y miasmas). Es a partir de esta idea que se desarrolla la máxima cito, longue et tardo (huye pronto, lejos y tarda en volver) que, ciertamente, era bastante acertada.
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